Điều cơ bản nhất để đảm bảo cho cây sống được trong một không gian hạn chế, là chậu phải thoát nước tốt, không một gốc nào trong chậu được đọng nước vì rễ cây Bonsai hầu như chiếm gần hết thể tích của chậu, chỉ cần một phần của rễ cây bị úng nước, nó sẽ lan rất nhanh làm cho toàn bộ hệ rễ cây bị ảnh hưởng tiến tới thối, mủn và chết! Nếu phần đọng nước chỉ làm ảnh hưởng đến đất trồng không làm rễ ngập úng thì nó cũng làm biến đổi chất lượng đất, độ chua sẽ tăng cao và cây trồng cũng bị ảnh hưởng.
Chậu Bonsai thường rộng và nông, nên sự thoát nước thực hiện bằng một lỗ ở đáy. Tuy nhiên nếu trồng cây trong một chậu có chiều cao lớn hơn chiều rộng, cần có cả lỗ thoát nước ở bên, tỷ lệ giữa chậu và các lỗ thoát phải đảm bảo không để ứ đọng nước lâu trong chậu. Nếu chậu chỉ làm bằng đất nung không tráng men, sự thoát nước dễ dàng qua toàn bộ bề mặt chậu nên không cần phải kiểm tra thật tỉ mỉ. Muốn cho lỗ thoát nước không làm rơi đất trồng có thể lót ở đáy những chất liệu dễ thấm nước (tro, trấu, đất cục) hoặc khi trồng thì trãi đất có hạt to ở dưới, mịn dần ở trên, cây Bonsai sống chủ yếu nhờ lớp đất dày màu mỡ phía trên.
Sau khi có một cái chậu đạt yêu cầu về kỹ thuật thì việc chọn chậu cho thích hợp với cây trồng sẽ làm tăng giá trị thẩm mỹ của cây Bonsai, chậu phải phù hợp vừa với tầm vóc cây trồng lại phải có kiễu dáng, màu sắc để tôn thêm sự hấp dẫn của cây trồng trên đó. Đối với một cây trong giai đoạn uốn sửa hay mới trồng thì có thể dùng chậu tạm thời, nhưng bắt đầu có dáng dấp một cây Bonsai hay đang trên ý đồ uốn tỉa của nghệ nhân thì phải có một chậu phù hợp, từ đó cây Bonsai sẽ cùng với chậu trở thành một tác phẩm sống.
Hiện nay để trồng một cây Bonsai, thường dùng hai nhóm chậu là nhóm chậu Trung Quốc và nhóm chậu Nhật Bản, vì cả hai loại này đều có dáng đẹp với các nét trang trí mỹ thuật.
Chậu trồng Bonsai có hình chữ nhật, hình tròn, hình bầu dục, hình vuông hay hình nhiều góc cạnh.
Mặc dù dáng độ sâu ra sao, chậu vẫn phải phù hợp với "cái thế", "tầm vóc" của cây, điều này tùy thuộc vào óc thẩm mỹ của mỗi nghệ nhân.
Chậu có đường nét thẳng thì phù hợp để trồng các cây có dáng thẳng đứng.
Chậu có đường cong phù hợp với cây có dáng nghiêng, cong.
Chậu càng sâu thì trồng những cây có thân càng to, ngược lại thân cây ngắn và dày chỉ cần những chậu không sâu lắm. Người mới chơi Bonsai thường chọn chậu sâu và tròn vì dễ trồng, nhưng các nghệ nhân thích chọn các chậu nông, vì chậu chỉ là cái giá tựa giản đơn cho cây không hạn chế tầm nhìn và tăng giá trị của cây. Thường chiều sâu của chậu chỉ bằng hoặc hơi dầy hơn đường kính gốc cây Bonsai.
Chậu có đường nét thanh thường để trồng những cây có thân vặn xoắn ít nhiều, để cho sự quan sát dễ dàng.
Chậu dạng bầu dục hay tròn để trồng các cây Bonsai đang trên con đường hoàn chỉnh, có thể quan sát ở mọi gốc độ, chiều cao của cây thường gấp sáu lần chiều sâu của chậu, như vậy chiều dài của chậu gần bằng 2/3 chiều cao của cây.
Hình dáng của chậu cũng phải phù hợp với sự phân bố và hình dạng chung của tán lá.
Chậu tròn hay bầu dục thích hợp với nhiều kiểu tán lá! Và cây Bonsai không có mặt trước hoặc sau rõ rệt.
Chậu có 4 cạnh sắc phù hợp với các tán lá hình tam giác.
Chậu hình trái xoan hoặc bầu dục phù hợp với các tán lá tròn.
Chậu rộng và nông thích hợp để trồng các Bonsai nhiều thân hay rừng cây. Cần chú ý một số kiểu rừng cây chỉ được thực hiện đơn giản trên một tảng đá dẹt, hơi lõm, không dùng đến một chậu thực sự ( hoặc trên một đĩa rộng, rất nông).
Chậu nhỏ và nông dùng cho các cây Bonsai có tán lá nhỏ và bộ rễ ít phát triển, ngược lại các thân cây có tán lá lớn, bộ rễ nổi lên xù xì cần có chậu lớn để tạo thế cân bằng cho tổng thể.
Chậu hẹp và sâu cũng để trồng cho cây có bộ rễ nổi cao và cách xa mặt chậu để đủ đất cho rễ cọc có chỗ bám, đỡ cho các rễ nổi
Chậu hẹp và sâu cũng để trồng các cây có tán lá rũ xuống (thế thác đổ); như thế mới giữ cân bằng cho cây và chịu được tán lá nghiên và nặng.
Nhìn chung trong cách bố trí tổng thể, chậu phải phù hợp hoàn toàn với " các thế" của Bonsai. Ở đây chỉ gợi ý một vài thế cơ bản.
Thế Bonsai thẳng đứng, chọn chậu hình chữ nhật hay bầu dục, với bề sâu sắp xỉ bằng đường kính thân cây và bề rộng tương ứng với bóng tán lá rũ xuống.
Thế Bonsai hơi nghiêng chọn chậu tròn, vuông, bầu dục hay hình chữ nhật có bề sâu gần bằng đường kính thân cây.
Thế Bonsai nghiêng, chọn chậu có cạnh thẳng đứng và hơi sâu, nếu có rễ nổi lên mặt đất chọn chậu hơi rộng một chút để có thế cân bằng và ổn định.
Thế Bonsai nữa thác đổ, chọn chậu vuông lục giác, hay tròn có miệng hẹp nhưng sâu.
Thế Bonsai thác đổ, chọn chậu hẹp và sâu
Thế Bonsai gió đùa, chọn chậu tròn hay vuông khá sâu, thường gấp 3-4 lần đường kính thân, và đường kính chậu lại hẹp để cân bằng thẩm mỹ và kiểu dáng.
Thế Bonsai văn nhân, chọn chậu tròn vuông, luc giác, loe miệng nhỏ hơi sâu, thường lớn hơn đường kính thân cây một chút, như vậy nó phù hợp với dáng cao, mảnh mai của cây.
Thế Bonsai dáng chổi, chọn chậu nông rộng đứng.
Thế Bonsai hai thân chọn chậu hình bầu dục, nông
Thế Bonsai nhiều thân chọn chậu nông rộng.
Thế Bonsai lùm bụi , rừng cây chọn chậu rộng và rất nông hình tròn hay bầu dục.
Thế Bonsai bè gỗ, chọn chậu rộng và đất nông (như khay).
Thế Bonsai đá bám, nếu bộ rể vừa bám đá vừa bám đất thì chọn chậu hơi sâu, nếu bộ rễ chỉ bám đá thì chọn chậu rất nông (như khay) để tảng đá đó lên lớp cát mỏng hay sỏi nhỏ.
Ngoài hình dáng màu sắc của chậu cũng ảnh hưởng lớn đến giá trị thẩm mỹ của cây Bonsai. Các màu sắc thông thường hiện nay của chậu là màu xanh dương, màu lục nhạt, màu nâu, màu đỏ, màu đất nung, màu tím đất..... và xu hướng của các nghệ nhân ưa dùng màu tối ( màu đục mờ) để tăng vẻ cổ xưa già cỗi của cây Bonsai. Do đó thường chọn màu nâu (giống màu của đất) màu xám (nhã nhặn, phù hợp với việc trưng bày trong nhà). Màu tím, đất đỏ (thổ chu) thích hợp cho các loại cây lá kim: Thông, tùng....Chậu trồng Bonsai có hoa thường có màu sắc dối nghịch với màu sắc của hoa, ví dụ như hoa trắng dùng chậu màu nhạt, vàng hay lục, nếu hoa màu đỏ nhạt chọn chậu màu xanh dương đậm hay nhạt, còn hoa vàng nhạt dùng chậu màu lục đậm. Nếu hoa, lá đổi màu đỏ vàng vào mùa thu (ở các tỉnh miền bắc), chọn chậu màu lục nhạt hay xanh dương đậm, cây có quả sặc sỡ dùng chậu màu tím đất.
      
Vị trí cây trong chậu và sự hài hòa về kích thước của cây cũng có giá trị lớn để tăng vẻ đẹp của cây Bonsai, giữ cái thế ổn định và nâng cao tính thẩm mỹ cho người thưởng ngoạn. Cây phải thật cân xứng với chậu. Đối với cây đơn độc, nếu trồng trong chậu hình chữ nhật hay bầu dục, rộng và nông thì nên trồng cây hơi lệch sang một bên, cách mép chậu về phía bên trái hoặc bên phải khoảng 7/10, tùy theo các cành nhánh, tán cây. nếu trồng ở chậu tròn, vuông hay lục giác, thì trồng cây ở ngay chính giữa, trừ kiểu thác đổ, trồng cây ở gần mép chậu nơi thân cây cong xuống.
Với thân cây thẳng tán lá tròn đều thì trồng cây hơi lùi về phía sau, thân nghiêng về phía trước. Nếu tán cây lệch về một phía thì đặt cây nghiêng về phía đối diện ở khoảng 2/3 chiều dài của chậu.
Nếu thân cây nghiêng hay cong queo thì thân nghiêng về phía nào, sẽ đặt cây hơi lệch về phía đối diện và hơi nghiêng về phía trước.
Nếu cây có tán lá lớn lệch về một phía cũng trồng lệch ngược lại như trên
Nếu với Bonsai có nhiều thân từ một gốc, thì dù chậu kiểu nào, cũng đặt ngay chính giữa. cây Bonsai mọc thành khóm hay bụi thì chủ đề chính vẫn ở giữa chậu, các phần phụ có thể rãi đều trên mặt, nhưng hơi nghiêng về phía trước.
Đối với nhóm cây hay rừng cây, thường số thân cây lẻ nên đặt cây hơi lệch về bên phặihoac bên trái trong chậu dạng bầu dục.
Trong nhóm có 3 cây căn bản với đường kính lớn nhất thì cây có thân lớn hơn cả là chủ thể được trồng ở vị trí thích hợp nhất lệch về một phía, cách 1/3 chiều dài cũng như 1/3 chiều rộng. Còn cây lớn thứ 2 là cây phụ được trồng gần với cây chính và gần mép hơn. cả hai cây này được trồng thẳng đứng. Cây thứ ba là cây hỗ tương được trồng hơi nghiêng 30 độ và cách không đề 2 cây kia, cả 3 làm thành một tam giác không đều nằm gọn trong một tứ giác giữa chậu. Các thân cây còn lại có kích thước nhỏ hơn thì tùy theo vị trí mà xếp đều đặn trên một chậu. Như thế theo quy tắc về phối cảnh có thể bố trí toàn bộ rừng cây lệch về một phía như sau :
Ba cây theo một tam giác lệch
Năm cây theo hình thức tam giác kép.
Bảy cây theo hình thức tam giác trong tứ giác
Chín cây theo hình thứ tam giác trong lục giác.
Nhiều cây không theo một hình thức nhất định và nếu thiên về một phía thì trồng dày về phía đó.
Ngoài vị trí trồng cây trong chậu, kích thước của cây Bonsai cũng phải hài hòa với độ lớn của chậu. Điểm cần lưu ý là chiều cao của cây và bề rộng, dày của tán lá. Thông thường thân cây càng to thì chậu cần phải sâu, rộng. Cây có thân to, mập, nhưng thấp, chậu không cần sâu lắm, để gây ấn tượng mạnh về không gian và cự ly. thân cây mảnh mai đường kính nhỏ lại thích hợp với chậu nông miệng rộng, để không làm nặng đè thêm tổng thể. Bề sâu của chậu bằng hay hơi lớn hơn đường kính gốc cây Bonsai. Chiều cao của cây bằng 6 lần bề dày của chậu và chiều dài của chậu lớn xấp xỉ bằng 2/3 chiều cao thân, cũng như bằng 2/3 chiều rộng của tán cây.
Chậu cây không chỉ có nhiệm vụ tôn hết vẻ đẹp của cây Bonsai, mà còn là nơi chứa chất dinh dưỡng tối thiểu cần thiết để cây sinh trưởng và phát triển. Do đó chậu nhỏ nông chỉ để trồng các cây có tán nhỏ, bộ rễ rất ít phát triển, ngược lại cây có tán lớn, bộ rễ mạnh xum xuê thì cần chậu lớn sâu, vừa tạo thế cân bằng ổng định, vừa có đủ chất dinh dưỡng cho cây sống bình thường. Cây có tán lá càng rộng thì chậu phải có bề mặt lớn, cây có hệ rễ nổi, lan rộng thì cậhu phải sâu để rễ cọc bám chặt, phù trỡ cho rễ nổi ít vững chắc.

B. THAY CHẬU VÀ THAY ĐẤT
Tuy nhiên, dù chậu có hình dạng ra sao cũng không thể đáp ứng nổi sự phát triển của cây Bonsai, vì số lượng đất trong chậu không đủ cung cấp chất dinh dưỡng. Do đó cần phải thay chậu mới để nới rộng không gian dinh dưỡng cho cây càng ngày càng lớn, đòi hỏi nhu cầu sống cao. Chậu lúc đầu có thể phù hợp với cây, sau trở nên chật hẹp và hạn chế! Mặc dù trồng Bonsai, các ghệ nhân muốn kiềm hãm sự tăng trưởng của cây, nhưng với số lượng đất quá ít đó, trong một thời gian dài, hệ rễ dày đặc, cuộn xoắn vào nhau thành 1 khối chiếm hết thể tích chậu. Không còn chỗ cho các rễ non sinh  ra nữa, và hết cả màu mỡ.
Công tác thay chậu mới, có kích thước lớn hơn, cũng đồng thời thay đất mới để cải thiện nhu cầu sống cho cây. Trong khi thay đất mới có thể tháo gỡ bộ rễ. làm cho rễ dễ thở hơn trong đất tơi xốp mới, cũng để loại bỏ các rễ già thối rữa hay chết khô do bị chèn ép. Bộ rễ thoáng hơn trong đất mới sẽ hỗ trợ hữu hiệu cho cây nguồn thức ăn, nước và không khí.
Lúc thay đất có thể bổ xung thêm phân bón, các chất dinh dưỡng cần thiết, vì sau một thời gian hàm lượng chất bổ trong đất bị rễ hút hết, đất bị chai sạn lại , kết dính thành khối cứng ngăn cản sự thông thoát cả về nước lẫn không khí.
Số lần thay đất và đổi chậu tùy thuộc vào từng loại cây và yêu cầu thẩm mỹ của người trồng. Tuy nhiên có thể nêu một số quy ước chugn như sau:
Cây Bonsai có rễ mọc khoẻ, chóng dài, hút nhiều nước thì nên thay mỗi năm một lần đất và tùy theo mứt độ tăng trưởng của bộ rễ, chậm hơn và hút nước ít hơn, thì cứ 3-5 năm mới thay đất một lần ( cây lá kim tăng trưởng chậm).
Những cây Bonsai có rễ lồi lên mặt đất, hay bám trên đá buông rễ xuống đất, thì nên thay đất mới thường xuyên.
Trong khi thay đất có thể thay chậu luôn, hay vài lần thay đất mới phải thay chậu (5-7 năm) tùy theo độ lớn của cây, bộ rễ và yêu cầu sống.
Mùa thay đất và thay chậu tốt nhất vào mùa mưa (ở các tỉnh phía Nam) và đầu mùa xuân ( ở các tỉnh miền Bắc) nếu có hoa nở vào mùa xuân thì làm sớm hơn, lúc cây chớm có chồi nụ. Không bao giờ thay đất vào mùa lạnh hay mùa cây đang ngủ (trạng thái tiềm sinh, ngừng tăng trưởng). Tuy nhiên cần theo dõi từng cây cụ thể để thay đất cho thích hợp. Cây đã ở tuổi thành thử có sức chịu đựng cao khi bị thay đất, còn cây non hay vào tuổi già, cần chăm sóc kỹ trước và sau khi thay đất.
Cần chọn đất thích hợp với từng loại Bonsai để thay thế.
Đối với các laọi cây lá kim (thông, tùng, bách) thành phần đất bao gồm 70% đất thịt, và 30% đất pha cát.
Đối với các loại cây lá rộng, dùng 60% đất thịt, 30% đất cát pha, 10% lá mục nát.
Đất ở dáy chậu và ở mặt chậu cũng có tính chất cơ giớ khác nhau, đất đáy chậu có hạt thô hơn (đường kính 6-10 mm) còn đất mặt thì mịn hơn được đáy qua các lỗ nhỏ hơn.

C. CÁCH THAY ĐẤT
Điều cơ bản nhất trước khi thay đất, thay chậu là không được tưới nước, cần để toàn bộ thật khô.
Dùng một đũa tre mỏng để xăm đất ở xát mép chậu để tách toàn bộ khối đất không cho dính vào thành chậu. Vì sau thời gian mọc, rễ bám chặt lấy nhau và áp sát dính với thành chậu. Nếu đưa cây ra mạnh, rễ bị thương tổn. Một tay nắm chặt phần gốc thân, một tay giữ mép chậu, nâng thẳng gốc cây ra khỏi chậu, hoặc lật ngược chậu để cây và bộ rễ nặng rời ra khỏi chậu (đỡ gốc thân và đáy chậu). Nếu bộ rễ còn dính lại với thành chậu, vướng không nâng cây lên được thì đặt chậu trên bàn, một tay nhấc cây, một tay dùng kéo cắt nhẹ các rễ bám vào chậu.
Đặt cây lên bàn, dùng que gỗ cứng, dài, xăm nơi khe các nhánh rễ lớn để đất vỡ rời khỏi bộ rễ. Cộng việc bắt đầu làm từ ngoài mép của khối đất, rồi lần lần tiến về phía trong. Gỡ các rễ quấn chằn chịt với nhau, bắt đầu từ mặt trên, dần về phía đáy sâu. Cố gắng không làm thương tổn rễ con.
Loại bỏ các đất cũ ở dưới gốc cây, làm lộ gần hết bộ rễ ra. Toàn bộ đất loại bỏ chiếm hết 70%.
Xén bớt các rễ đã gỡ tơi bằng một kéo sắc, tùy thao mức độ xum xuê và già cỗi của bộ rễ, đặc biệt phải loại bỏ các rễ đã bị hư hại, thối khô hay đã chết. Cần chú ý đến các rễ quá khoẻ, có thể cắt cho thật sắt một phần, không làm gãy, dập nát.
Kiểm tra chặt chẽ bộ rễ để nhặt bỏ đi hết các sâu bọ, trứng, ấu trùng, đồng thời loại ra các rễ cỏ, các loại hạt cây xa lạ.
Tỉa bớt cành lá cho tương xứng với hệ rễ đã được sửa sang.
Chọn một chậu khác dung tích lớn hơn và có hình dạng phù hợp với cây Bonsai trưởng thành. Đối với các loài cây yếu ớt như các loài cây lá kim ( thông, tùng, bách) thì nên dùng chậu không tráng men, để đất giữ được ẩm và không ấm nóng.
Dùng lưới kim loại đậy các lỗ thoát nước, luồn dây kẽm, đồng qua lỗ này chừa hai đầu dây ra ngoài thành chậu để buộc cây vào vi trí ổn định, không bị lung lay.
Rải một lớp đất thô, hạt to hay sỏi sạn vào đáy chậu, tiếp theo rải một lớp đất có hạt trung bình cho kín khoảng chiều sâu của chậu.
Đặt cây vào chậu ở một vị trí đã chọn sẵn, phù hợp với chậu và bộ rễ, nếu cần thì sén bớt rễ cọc để cây hoàn toàn có bộ rễ gọn trong chậu (loại trừ cây Bonsai có rễ nổi thì phải rãi thêm một lớp đất mịn ở dưới bộ rễ) đổ đất mịn trung bình lên toàn bộ hệ rễ, lấp kín đến miệng chậu. Vừa cho đất vừa lèn nén để giữ cây đứng chắc theo một tư thế thích hợp. Phủ một lớp đất mịn mỏng lên trên cùng.
Cột chặc cây vào chậu bằng cách cuốn hai đầu dây kẽm đã có ở lỗ đáy chậu vòng quanh vào khối rễ. Dây cuốn không được lộ ra ngoài lớp đất mịn.
Lấp đất mịn dần dần hết cả mặt chậu (có thể hơi dày ở phần gốc), dùng đũa tre để xăm đất mới trải, để các hạt đất len lỏi vào giữa các khe của bộ rễ. Lắc và vỗ nhẹ vào thành chậu làm đất nén dần xuống không bị hổng ở dưới. Khi lấp dất dày khoảng 80% thể tích của chậu dùng ngón tay nén nhẹ trên mặt đất. Phủ một lớp đất mịn hạt lên trên cùng rồi dùng một cái bay nhỏ nén đất cho chặt và phẳng và hơi dóc vào phía trong để khi tưới nước, nước không cuốn trôi đất ra ngoài. Đây là lớp mặt "trang trí" trên đó có thể để nhẵn bằng cách dùng một cây chỗi nhỏ quét nhẹ trên mặt đất, hoặc phủ lớp rong rêu mỏng.
Đặt cây Bonsai đã thay đất vào nơi ít nắng (tránh nắng trực tiếp) và tưới nước đầy đủ bằng một bình phun có lỗ rất mịn.
Sau 2-4 tuần, rễ mới bắt đầu bén trên đất, và sau 3-6 tháng cắt và rút dây đồng ra, đem cây bày ra nơi đủ nắng và thoáng khí